Kotoura-san sigue a Haruka Kotoura, una chica que sufrió mucho durante su infancia debido a su habilidad para leer las mentes ajenas. Cuando comienza a ir al instituto conoce a Manabe, una compañera de clase que suele pensar mucho en cosas eróticas, y se une a un club de gente a la que no le da miedo su habilidad. Así, su vida comienza a ser poco a poco más disfrutable.