Al igual que la película en la que se basa: Mahou Shoujo Madoka★Magica (魔法少女まどか★マギカ), Gekijō-ban Mahō Shōjo Madoka Magica Shinpen se desarrolla una historia nueva que da continuidad a la historia original.
El dibujante de dicho manga es Hanokage, como ya lo hiciera con la serie de animación, con el primer manga de Madoka Magica, y con Puella Magi Madoka Magica 〜The Different Story〜, una historia paralela que también fue publicada por la revista Manga Time Kirara Magica. Esta última finalizó con un total de 3 tomos recopilatorios.
Ademas la franquicia cuenta con varios spin-off y diversas publicaciones basadas en el anime, entre ellas Gen Urobuchi. Puella Magi Kazumi Magica: The Innocent Malice, escrita por Masaki Hiramatsu e ilustrada por Takashi Tensugi. Una historia a parte de la serie original que se centra en la joven Kazumi, que ha perdido la memoria después de haber sido secuestrada.
La obra finalizó con 5 tomos recopilatorios en el mercado japonés.