El manga comenzó en la revista en junio de 2005.
Shin Seiki Evangerion: Ikari Shinji Ikusei Keikaku (新世紀エヴァンゲリオン 碇シンジ育成計画) es un manga basado en el videojuego homónimo, segundo que ofrece una historia "alternativa" al universo de Evangelion, luego de la poca aceptación que Neon Genesis Evangelion: the Iron Maiden, tuvo entre los fanáticos, tanto por su calidad visual como en la trama de la misma. Producido por Gainax y siendo dibujado por el joven mangaka Takashi Osamu, presenta el mundo alternativo donde Shinji Ikari es "feliz", basándose al igual que Iron Maiden 2nd en el último capítulo de la serie, en el cual Shinji imagina esa realidad diferente, los detalles de los dibujos son muchos más fieles a la serie original que Iron Maiden.